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身负重伤的白鸟亲手交到佐藤手上的犯人的字条上写着："我是大联盟球员中的强棒，延长赛开始啦……"酷似3年前连续爆炸事件时收到的犯人的预告函文体。警视厅管辖内的警署也纷纷收到了相同的字条。警视厅根据传真的字面内容推测炸弹共有2枚，将分别于明日正午及下午3点爆炸，并开始了紧急戒备。
柯南和少年侦探团的孩子们，坐进了佐藤警官和高木警官的车子，与两名刑警一起推测着炸弹的所在。对于犯人把东京都1200万居民当作人质来向警察进行报复的行为，柯南和刑警们怒不可遏。但是，查找到的炸弹都是假炸弹，犯人似乎把搜查人员玩弄于掌心。
第二天早上，佐藤警官担心高木警官，借口让他送柯南他们回家，希望高木警官能远离搜查现场。佐藤警官决心不再让亲近的人被死神夺走。但是，在车中意识到第一颗炸弹被安装在东都塔电梯里的柯南，与高木警官急急奔赴现场。在东都塔发生了小型爆炸，电梯中途停顿。在电话里听说了情况的佐藤意识到，这情况与3年前相同，是犯人引诱警察的陷阱。佐藤警官命令高木警官在原地待命，但得知有个小女孩被关在电梯里的高木警官不顾佐藤警官的制止，冲向了电梯。高木警官也拼命想保护佐藤警官。小女孩被钻入电梯的柯南救出来了，但他和高木警官却被爆炸困在了电梯里。
正如佐藤警官的推测，这是犯人设下的陷阱。爬上电梯顶部的柯南发现了炸弹。为避免触动起爆装置，柯南必须一个人独立拆除炸弹。炸弹拆除小组送来了解体炸弹的工具，柯南根据指示开始了解体工作。工作进行的很顺利，但在将要完成的时候犯人又传来了信息。第二颗炸弹的所在只有在第一颗炸弹爆炸前3秒钟时才会通知。柯南已经解开了预告函的暗号，推理出了第二颗炸弹的放置场所。但都内共有400处可能场所，不知道究竟是哪一个。为了确保该处全体人员的生命安全，柯南让高木警官把自己的推理写成手机邮件，像松田警官一样，等待爆炸前3秒钟犯人发来的信息，准备一旦判明炸弹场所就把邮件发出去。因为在这个世上，他们都有"最不希望失去的非常重要的人"要守护。