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进藤光是一个小学6年级学生。有一天，小光跑到爷爷家里寻宝，想赚些零用钱，没想到偶然翻出了一个旧棋盘。就在他接触棋盘的一瞬间，竟看见了附身于棋盘中的平安时代天才棋士——藤原佐为。佐为将围棋视为生命，小光在佐为的恳求下，带他到围棋会馆里下棋。在围棋会馆里，佐为因不能触碰实物只能口述棋子行列，让小光下棋。在那里，光第一次下棋便遇到了棋力已达职业棋手的塔矢亮。佐为为塔矢下了盘指导棋，第一局胜了，而佐为和塔矢亮后来下的第二盘棋，佐为则是正式与塔矢下了盘棋，第二局佐为胜，之后的日子里，塔矢亮都以小光为目标不断追逐，塔矢不知真正下棋的是佐为。在佐为的熏陶下，小光也对围棋充满了向往。在一次围棋大赛中，小光与塔矢亮下了半盘棋，清楚了解的自己与塔矢的距离，也开始以塔矢亮为目标开始学习围棋，只为了有一天能不借助佐为的力量胜过塔矢亮。
之后，小光意识到佐为棋力之高，不敢让他在与他人下棋。偶然之下，小光了解到了网络围棋，开始让佐为在网上用SAI的名义来下棋。SAI在网上打败了许多其他国家的棋手，一时间成为围棋界的风云人物，在不久的国际围棋大赛上，棋手们因为三谷的话纷纷讨论SAI究竟是谁。塔矢亮找上在网吧的小光，以为网上下棋的SAI是进藤光，不巧只看见了电脑上的漫画页面。经塔矢亮的话，小光了解到SAI已成风云人物，不能再让佐为在网上下棋了。为了追逐塔矢的脚步，小光成为了院生。小光与佐为成天下棋，棋艺日夜增长，佐为也发现了自己在世上的时间已经不久了。他害怕，他还想下更多的棋，不愿承认小光棋艺高强，不愿承认自己能教小光的已经不多了。在最后的时间里，他恳求着与小光下棋，却被小光认为佐为任性。一个清晨里，佐为恳求着与小光下棋。这盘棋，是最后的一盘棋，还未下完，佐为便已消失。