万众瞩目的游戏大作，在这部动漫面前只配自称弟弟？(3)

第一部剧场版的故事围绕着一个神秘的名为“傀儡师”的黑客展开。在公安九课任职的女主角草薙素子追查这名黑客的过程中，素子不停地看到本不存在的事物，本来存在的东西却又会忽视，甚至于记忆都已经开始错乱。这正是因为科技导致的全社会义体化高度发达，使得黑客可以侵入人躯壳内部造成可怕的后果。随着追查的进一步进行，公安九课惊讶地发现这个黑客并非任何个人甚至也不是某个组织，而是网上的一段代码。随后公安九课便于网络与现实中设置陷阱对傀儡师进行围捕，成功地将在网络上流窜的傀儡师逼入一具义体内，并将其抓捕。

美丽的傀儡师，或者说他的临时义体
在与傀儡师谈话的过程中，记忆、繁衍、思想等等概念的重新思考让素子对于生命的定义开始产生疑惑。就在公安九课思考傀儡师的处置办法时，却遭到了一支队伍的突袭：因为傀儡师这段程序，是外交部、公安六课与科技公司之间密谋研制出的操纵人类的代码，他们要抹除这个污点，绝不能让他寻求政治庇护。素子与战友巴特共同携带傀儡师出逃。傀儡师提出要与素子合二为一，因为自己身为一段代码，只能做到复制自己，却无法做到能产生多样性的真正的繁衍，他希望与素子合二为一来实现彻底的补完。眼看追兵即将赶上，素子对于探明灵魂与生命的意义的渴求使她强烈地想要将意识接入傀儡师的脑海中一探究竟，于是即便战友巴特再三提醒这样可能会使电子脑受到污染，素子依旧将自己与傀儡师链接了。

借助脑后的接口，得以潜入意识深层
巴特苦苦支撑下依旧难以抵挡追兵的进攻，对方的狙击枪已然瞄准了素子与傀儡师。枪声响起，一颗子弹将傀儡师的头打得粉碎，另一颗子弹则由于微微的偏移，只击中了素子的脖子，她的头则滚落一旁——然而刚刚素子的意识已经在链接时进入了傀儡师的脑海中，此刻这颗头颅内，真的还有素子在吗？