一年又一年，年年等柯南，作为一名万年小学生：远海的侦探(2)

谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。

原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。

为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀、阿笠博士、服部平次及远山和叶通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……