大脑网络组织的多尺度建模:多层网络视角(5)
2023-10-27 来源:旧番剧
这两个指标确定哪些节点是网络中最中心的节点。也有别的方法来进行评价,比如,基于最短距离的计算,一个节点的介数(betweenness)用来衡量其在拓扑结构上连接远处部分的能力。扩展到多路复用网络中,叫做重叠介数中心性(overlapping betweenness centrality)。
还有一个中心性的测量指标 PageRank,它最初用于谷歌页面搜索引擎。它的中心性可以理解为在网络中的一个随机漫步者会访问各个连接,在一个节点(即页面)上花费的时间比例越高,说明中心性越强。以上四个指标的详细介绍和数学计算,读者可以自行查看原文。
(2)中尺度(集群)
对于中尺度(集群)上特征的定量评价,就需要提到网络基序(Motif)的概念,它简单来说就是包含少量节点的、种类有限的循环连接的模式(pattern)。它们也可以理解为构建复杂系统的基本模块。在多层网络中,基序可以由不同层之间的连接形成,因此,可能构型的总数和层数以及相互作用的类型(正的或负的)都有关系。而Z分数通常用于确定一个多层网络基序G的统计丰度值:
F表示一个给定基序G的出现频率,FR表示平均频率,SR表示标准差,这二者从一组等价的随机多层网络R中获得。
在大脑模块化以及按照隔离方式处理信息的假设下,检测这些连接紧密的模块,即社团检测(community detection)也是非常重要的。所以我们在社团检测的时候,需要考虑如何划分是最优的,而最开始的考虑是社团内连接数越大越好,社团间连接越少越好,可是这样的策略得出的结果没有意义,显然的最优结果就是全部节点在一个社团然后另一个为空社团。之后的策略是,通过和一个随机连接的空模型(也就是我们对一个社团连接个数的期望值)进行比较,这样一来社团连接个数就有可能显著多于期望值或者少于期望值,这样的结果是包含了信息的。这从数学上可以理解为一个优化问题,优化指标为Q,通过启发式的算法最大化Q,就能够给出每一层的最优网络划分。
(3)大尺度(全网络)
大尺度上(整个网络)的网络特征通常是通过聚合小尺度上的信息得到。例如,网络的全局效率(global efficiency)就是由其最短路径的长度(通过标量来衡量网络集成远处节点信息的能力)得出。对于多层网络,则可以通过重叠局部效率(overlapping local efficiency)来量化网络形成集群的全局趋势: