星巴克与扑棱蛾子？小伙独自坐拥4位美少女，经营特殊的咖啡馆(2)

因为主角改写了过去，神明开始注意到他的存在，这种引发「奇迹」的力量对神明来说是危险的因素。因此只要神明判定主角有威胁世界稳定的可能性，便会将他的存在消除。

身为神明的使者——死神明月栞那向主角提议协助她经营咖啡馆进行引渡蝴蝶的工作。待在栞那的身边，除了可以随时应付突发状况外，也算是将他至于神明使者的监视之下，神明或许就不会消除他的存在。
因为上述原因，主角决定答应栞那的提议，一起经营咖啡馆。
既然要开咖啡馆，就需要寻找帮手来一起经营，并克服各式各样的难题。首先是四季夏目，在主角遇到栞那之前就已经和栞那相识，两人当初就想合力经营咖啡馆，但是因为没有得到店房东的认可，迟迟无法开店。
四季夏目父母亲的梦想是开一间咖啡馆，但是在开始营业之前，四季夏目生了一场重病，庞大的医疗费用让父母亲只能放弃开咖啡馆的梦想。缺乏社会历练也不会经营的2名大学生，外加1名不懂时代潮流的死神，怎么想都没办法经营起一间咖啡馆。

好在主角的父亲刚好是一名画家兼店面设计师，让他给了这间咖啡馆许多建议，从店面摆设、制服设计、餐点味道等等缺点一一改善，同时也寻找到2名帮手：墨染希和火打谷爱衣的加入，离开店的目标越来越接近。
在餐点、饮料、服务招待等等方面都练习到能够开幕营业的地步，但唯有甜点的部分没办法达到及格线。