狂热而孤独！这部死宅神作，已经火了24年(6)

但这样的结合导致了“神的愤怒”引发了大洪水，即第一次冲击，灭绝了绝大多数的人类，使徒们陷入沉睡。人类的智者们写下了“死海文书”，记录了过去并预言了未来。根据出土的死海文书，一群老人成立了名为SEELE的组织，制定了“人类补全计划”，也即是“剧本”。SEELE剧本的目的是打败使徒并引发冲击，获得进化完成人类的补全。
作为SEELE的下属执行机关NERV的一把手碇司令暗中暗中反叛SEELE，将亚当与莉莉丝据为己有，他希望通过冲击以见到实验中死去的亡妻。