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现代领导者需要特别注意一种对日常的清晰思维产生威胁的大脑劫持机制，这就是所谓的杏仁体劫持，也叫情绪劫持。
杏仁体是大脑边缘系统的一部分，正如前面所描述的，它是一个与记忆、学习、动机和情绪有关的系统。在这个系统中，杏仁体扮演着生存的情感守护者，决定是否以及何时干预，干预意味着接管。杏仁体通常与情绪学习联系在一起，因为它让外部事件结合内部记忆来选择最佳的行动。如果外部事件可能会引起强烈的不愉快记忆，那么，它决定通过阻止理性的过度思考来控制。在危险情况下，没有多少时间进行辩论和商议。因此，杏仁体也与压力、焦虑、恐惧和攻击有关（戈尔曼，1996年）。对于领导者来说，这意味着日常工作中的杏仁体可以威胁和劫持到更高的思想，且导致严重的后果，包括不稳定的行为、不信任他人、缺乏自信、缺乏决策能力、业绩下降、无法读取人类信号和数据信号、以自我为中心、短期思维、误解和误传、不由自主的迅速反应和仇恨心理。这些并不是激励个人的理想特质。
我们对情绪劫持并没有防备。我们还有很多事情可以做。谢菲尔德大学的史蒂夫·彼得斯教授（2012年）在《黑猩猩悖论》（The Chimp Paradox）一书中提出了一种大脑管理模式，由此，他帮助运动员和其他高成就者有效地处理这样的劫持事件。按照他的说法，我们身体内部的“黑猩猩”，比我们有意识的意志要强大5倍，它用有毒和可怕的思想攻击我们的思维来影响我们的行为，例如，“我不能这样做”“他们都反对我”。典型的说辞如下：
事情不会像我所希望的那样进行——外部问题；
我觉得自己并不适应面前的任务——内部问题。
生活在我们脑海中的“黑猩猩”有能力推翻我们清晰的思想，若要对付它，首先要接受它，避免与它争斗（它比你强大）。我们需要观察它的行动和冲动，让他长期处于缺乏安全感的状态之下，以便去培养它更好的一面。最后，我们可以通过分散注意力和奖赏的方式去管理它。分散注意力可能会有效限制“黑猩猩”充分表达自己；奖赏就是当“黑猩猩”反对的工作已经完成，或者部分完成的时候，给它喜欢的东西，比如，早上回顾了难搞的报告之后，可以开始第一次咖啡时间。
处理情绪劫持的另一个物理学方法就是艾伦·沃特金斯博士在《凝聚：卓越领导力的秘密科学》（Coherence: The secret science of brilliant leadership）一书中所倡导的。沃特金斯博士（2013年）提出一种呼吸放松法，可以平息一个充满恐惧的大脑导致的不规则的心脏跳动。我们心脏每天定时、平稳、有规律地跳动，对压力反应有着显著的影响。这种方法可以给心灵以适当的空间去发展有益的情感和思想。如果忽略劫持生理的行为，则属于战略上的错误，会降低应对能力的成功率。我们总是建议我们的客户在感到气愤或恐惧的情况下稍事休息。最流行的建议就是，生气时不要发电子邮件，而是把它留到第二天，这是由于生理学和心理学的相互依赖而产生的。散散步，保持平静而有规律的呼吸，让你的人体系统有足够的时间去清除因侵略和恐惧而产生的化学物质。